La unidad especial de ejecución de PRONACOM se integra de la siguiente manera: a) El Director Ejecutivo, nombrado directamente por el Ministro de Economía, a propuesta del Comité Ejecutivo, b) La subdirección ejecutiva, c) La Unidad Administrativa Financiera; d) Los consultores técnicos y profesionales, así como el personal de apoyo que se requiera, para el desempeño de sus fines.

Para la ejecución de sus funciones y el cumplimiento de sus objetivos, la Unidad Especial de Ejecución del Programa se rige por lo estipulado en la Ley Orgánica del Presupuesto y otras leyes afines que le sean aplicables.